Pri priamom prílete z Európy sa povinne nevyžaduje žiadne očkovanie. Ak sa cestovateľ zdržiaval počas predchádzajúcich 6 dní v krajine s endemickým výskytom žltej zimnice, je potrebné preukázať sa pri príjazde medzinárodne platným osvedčením o očkovaní proti tejto chorobe (neplatí pre deti do 1 roka).
Pri pobyte výlučne vo veľkých mestách a turistických centrách Ekvádoru nákaza žltou zimnicou nehrozí. Pre cesty do vnútrozemia, najmä do nižšie položených oblastí východne od Ánd, je však očkovanie proti žltej zimnici nevyhnutné. Vysoké riziko infekcie povodcom žltej zimnice je predovšetkým v provinciách Esmeraldas, Morona-Santiago, Sucumbíos, Pastaza, Zamora-Chinchipe a Napo.
Osobám plánujúcim vycestovať do Ekvádoru sa odporúča očkovanie proti záškrtu, hepatitíde A a skontrolovanie platnosti očkovania proti tetanu.
Pri cestách do vnútrozemia, najmä pri nízkom rozpočte s jednoduchým ubytovaním a príležitostným stravovaním, ako aj pri predpokladanom úzkom kontakte s domorodým obyvateľstvom a zvieratami sa odporúča očkovanie aj proti brušnému týfusu a besnote. Besnota sa u zvierat vyskytuje po celej krajine, pričom nákaza hrozí najmä od psov a netopierov. Po pohryzení alebo inom poranení podozrivým alebo neznámym zvieraťom treba ihneď vyhľadať lekársku pomoc.
Pri dlhodobom pobyte v Ekvádore alebo pri predpokladanom vyššom riziku nákazy sa odporúča očkovanie proti hepatitíde B.
Malária sa vyskytuje celoročne v oblastiach do nadmorskej výšky 1500 metrov. Vysoké riziko nákazy je predovšetkým v provinciách Esmeraldas, Los Ríos a Manabi na západe, kde je hlásených viac ako 50% všetkých prípadov malárie, ďalej aj v Canar, Sucumbíos, El Oro, Guayas. Stredné riziko infekcie malarickým parazitom je v provinciách Cotopaxi, Loja, Morona-Santiago, Napo, Pastaza, Pichincha, Zamora-Chinchipe. V ostatných častiach krajiny, v mestách, a na Galapágoch je pravdepodobnosť získania malárie málo pravdepodobná. Približne 70% prípadov vyvoláva Plasmodium vivax, vyskytli sa však aj prípady vyvolané druhom Plasmodium falciparum rezistentným na chlorochin.
V rizikových oblastiach je nevyhnutná ochrana proti komárom vo večerných a nočných hodinách, prípadne aj chemoprofylaxia kombináciou chlorochinu a proguanilu. V prípade pobytu v ťažko dostupných malarických oblastiach je vhodné mať so sebou terapeutickú dávku meflochinu.
Z nákaz prenášaných bodavým hmyzom sa v Ekvádore vyskytuje aj dengue, ďalej škvrnivka a pri prespávaní v tradičných obydliach chudobného miestneho obyvateľstva hrozí Chagasova choroba.
Riziko výskytu hnačkového ochorenia u cestovateľov je značné pri návšteve ktorejkoľvek časti krajiny. Možná je aj nákaza cholerou, hoci v ostatnom období nebola v Ekvádore hlásená žiadna epidémia tohto ochorenia. Hlavnou príčinou veľkej epidémie cholery v rokoch 1991-1993 bola konzumácia kontaminovaných rýb. Pozornosť treba venovať najmä dôkladnej hygiene a konzumácii výlučne bezpečných potravín, jedál a nápojov. Mieste obyvateľstvo býva infikované červovými nákazami, riziko ich prenosu na cestovateľov je pri dodržaní preventívnych opatrení pomerne malé.